Pour rappel, les articles L. 411-1 et L. 411-2 du Code de l’environnement organisent la protection stricte de certaines espèces animales et végétales ainsi que de leurs habitats. Le premier pose plusieurs interdictions, notamment celles de détruire ou de perturber certaines espèces protégées et de dégrader leurs habitats. Le second prévoit qu’une dérogation à ces interdictions peut être délivrée sous réserve de trois conditions cumulatives :
- l’absence de solution alternative satisfaisante ;
- l’absence d’atteinte au maintien des populations des espèces concernées dans un état de conservation favorable ;
- la justification du projet par l’un des cinq motifs limitativement énumérés par la loi.
La question de la nécessité d’une dérogation doit toutefois être distinguée de celle de sa délivrance.
L’article L. 411-2-1 du Code de l’environnement prévoit ainsi qu’une dérogation « espèces protégées » n’est pas requise lorsque deux conditions cumulatives sont réunies : d’une part, le projet comporte des mesures d’évitement et de réduction suffisamment effectives pour que le risque de destruction ou de perturbation des espèces protégées ne soit plus suffisamment caractérisé ; d’autre part, il intègre un dispositif de suivi permettant d’évaluer l’efficacité de ces mesures et, si nécessaire, de mettre en œuvre des mesures supplémentaires afin de garantir l’absence d’incidence négative importante sur le maintien des populations concernées dans un état de conservation favorable.
Dans une décision rendue le 15 octobre 2026 (n° 506925), le Conseil d’État a confirmé que le juge administratif peut prescrire lui-même une mesure d’évitement ou de réduction complémentaire et a précisé son office lorsqu’il prescrit une telle mesure.
En l’espèce, le préfet du Cher avait autorisé la construction et l’exploitation d’un parc éolien sur le territoire de la commune de Saint-Germain-des-Bois. Saisie par des opposants au projet, la cour administrative d’appel de Versailles a jugé que le porteur de projet n’était pas tenu de déposer une demande de dérogation « espèces protégées » et a complété l’autorisation litigieuse par une prescription imposant l’installation d’un dispositif de détection et d’arrêt automatisé des éoliennes destiné à réduire le risque pour le milan royal. Elle avait toutefois subordonné la mise en service du parc éolien à une validation ultérieure, par l’administration, de la fiabilité du dispositif.
Le Conseil d’État censure ce raisonnement. Il juge que lorsqu’un juge prescrit lui-même une mesure de réduction pour écarter la nécessité d’une dérogation, il lui appartient de s’assurer que cette mesure présente des garanties d’effectivité suffisantes. Il ne peut renvoyer à l’administration le soin de vérifier ultérieurement si la mesure qu’il a imposée est effective :
« En renvoyant à l’administration de soin [sic] de vérifier la fiabilité d’un dispositif qu’elle avait elle-même prescrit, alors qu’il lui appartenait de s’assurer que les prescriptions qu’elle avait imposées au pétitionnaire présentaient des garanties d’effectivité telles qu’elles permettaient de diminuer le risque pour cette espèce au point qu’il apparaisse comme n’étant pas suffisamment caractérisé, la cour administrative d’appel a méconnu son office ».
L’arrêt de la cour administrative d’appel a ainsi été annulé et l’affaire lui a été renvoyée.
Conclusion
Le juge administratif est tenu de vérifier si les mesures d’évitement ou de réduction qu’il prescrit présentent des garanties d’effectivité suffisantes pour dispenser le porteur de projet de solliciter une dérogation « espèces protégées ». Toutefois, le juge ne disposant pas nécessairement des moyens techniques lui permettant d’apprécier la fiabilité de dispositifs parfois complexes, les porteurs de projet devraient veiller à étayer leurs dossiers afin de démontrer les garanties d’effectivité des mesures d’évitement et de réduction.
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