Par une décision du 20 février 2026, n° 499447, le Conseil d’État est venu préciser les modalités de mise en œuvre de la protection fonctionnelle et censurer la solution particulièrement extensive et favorable à l’agent retenue par la Cour administrative d’appel de Paris.
Par un arrêt du 4 octobre 2024, n° 24PA01236, cette dernière avait jugé que le bénéfice de la protection fonctionnelle devait être regardé comme valant pour l’ensemble des démarches et actions contentieuses engagées par l’agent, devant toutes les juridictions et à tous les stades de la procédure, y compris en première instance et dans le cadre des voies de recours.
La Haute juridiction rappelle toutefois que l’administration dispose d’une marge d’appréciation dans le choix des mesures permettant d’assurer effectivement la protection de son agent.
L’article R. 134-3 du Code général de la fonction publique prévoit à cet égard que la décision de prise en charge indique les faits au titre desquels la protection fonctionnelle est accordée et précise les modalités de son organisation, notamment sa durée, laquelle peut correspondre à celle de l’instance.
Le Conseil d’État en déduit que la seule reconnaissance du droit à la protection fonctionnelle ne suffit pas à déterminer automatiquement l’ensemble des mesures devant être prises par l’administration.
En l’espèce, la Cour administrative d’appel de Paris avait considéré que son précédent arrêt reconnaissant le droit de l’agent à la protection fonctionnelle impliquait nécessairement la prise en charge de l’ensemble des démarches et actions contentieuses relatives aux faits concernés, devant toutes les juridictions et à tous les stades de la procédure. Le Conseil d’État censure cette analyse dès lors que l’arrêt initial s’était limité à annuler le refus de protection fonctionnelle et à enjoindre à l’administration de l’accorder, sans déterminer précisément les modalités selon lesquelles cette protection devait être mise en œuvre.
Pour autant, cette décision ne signifie pas qu’une nouvelle demande de protection fonctionnelle devrait désormais être systématiquement présentée à chaque nouvelle phase de la procédure.
Le Conseil d’État ne pose aucune obligation générale en ce sens. Sa décision conduit plutôt à examiner le périmètre concret de la protection initialement accordée à l’agent.
Ainsi, lorsque la décision initiale prévoit expressément que la protection couvre l’ensemble de la procédure relative aux faits concernés, y compris les éventuelles voies de recours, le seul passage en appel ne paraît pas justifier une nouvelle demande.
A l’inverse, lorsque la décision limite expressément la prise en charge à la première instance ou fixe une durée correspondant à cette seule instance, une nouvelle demande apparaît nécessaire afin de permettre la prise en charge de la procédure d’appel.
La situation est plus délicate lorsque la décision initiale ne précise ni sa durée ni le sort des voies de recours. Dans cette hypothèse, la décision du Conseil d’État du 20 février 2026 ne permet plus d’affirmer que la protection fonctionnelle s’étend automatiquement à l’appel sur le seul fondement de la solution retenue par la Cour administrative d’appel de Paris. Elle ne permet toutefois pas davantage de considérer qu’une nouvelle demande serait, par principe, juridiquement obligatoire.
Cette lecture est d’ailleurs celle retenue par le ministère de l’Éducation nationale, qui relève que le Conseil d’État a surtout réaffirmé que l’administration conservait une marge de manœuvre pour déterminer les mesures appropriées permettant d’assurer la protection de l’agent.
Conclusion
En vertu de la position retenue par le Conseil d’État, le passage en appel n’impose donc pas systématiquement à l’agent de présenter une nouvelle demande de protection fonctionnelle. Il convient avant tout d’examiner le périmètre et la durée de la protection initialement accordée.
Lorsque la décision couvre expressément les voies de recours, une nouvelle décision ne paraît pas nécessaire. Lorsqu’elle est limitée à la première instance, une nouvelle demande apparaît en revanche nécessaire. En cas de silence ou d’ambiguïté, une demande expresse de poursuite de la protection fonctionnelle constitue la solution la plus sécurisante pour l’agent comme pour l’administration.
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