Par un jugement du 21 mai 2026, le Tribunal administratif de Clermont-Ferrand rappelle qu’un agent placé à temps partiel thérapeutique à 50 % ne peut imposer à sa hiérarchie ses propres modalités d’organisation du travail. Si le dispositif répond à une finalité médicale, sa mise en œuvre concrète doit rester compatible avec les nécessités du service.
Le temps partiel pour raison thérapeutique est aujourd’hui régi par les articles L. 823-1 à L. 823-6 du Code général de la fonction publique. Il permet à un fonctionnaire en activité d’être autorisé à accomplir un service à temps partiel lorsque cette organisation favorise son maintien ou son retour à l’emploi, ou permet une rééducation ou réadaptation professionnelle compatible avec son état de santé. Le temps partiel thérapeutique ne peut être inférieur au mi-temps et peut être exercé de manière continue ou discontinue, dans la limite d’un an. L’agent conserve, pendant cette période, l’intégralité de son traitement, du supplément familial de traitement et de l’indemnité de résidence.
Dans la fonction publique territoriale, le décret n° 2021-1462 du 8 novembre 2021 précise les modalités d’octroi et de renouvellement du dispositif. Le fonctionnaire doit adresser à l’autorité territoriale une demande accompagnée d’un certificat médical mentionnant la quotité de temps de travail, la durée et les modalités d’exercice prescrites. La quotité peut être fixée à 50 %, 60 %, 70 %, 80 % ou 90 % de la durée hebdomadaire de service.
Ces textes organisent donc un droit à une activité aménagée pour raisons médicales. Ils ne consacrent pas, en revanche, un droit de l’agent à déterminer seul ses horaires, ses jours de présence ou l’organisation concrète de sa reprise.
C’est tout l’intérêt du jugement rendu par le Tribunal administratif de Clermont-Ferrand le 21 mai 2026.
En l’espèce, un adjoint administratif employé par le centre communal d’action sociale d’Aurillac bénéficiait d’une reprise à temps partiel thérapeutique à 50 % sur un poste de gestionnaire comptabilité au sein d’un EHPAD. Lors de cette reprise, il a rejeté les propositions d’aménagement du temps de travail formulées par sa supérieure hiérarchique et a tenté d’imposer ses préférences en matière d’horaires, dans un contexte qualifié de véhément par le tribunal. Le lendemain, il a également adressé, depuis une boîte mail partagée du service, un courriel visant à imposer certaines modalités de congés annuels et contenant des propos remettant en cause les compétences managériales de sa directrice.
L’autorité territoriale lui a infligé un blâme, sanction disciplinaire du premier groupe. Le tribunal a validé cette sanction en relevant que l’agent avait manqué à son obligation de respect de la hiérarchie, quand bien même il était en désaccord avec les pratiques managériales de sa supérieure ou confronté à des difficultés personnelles.
Le jugement présente donc un double intérêt.
D’une part, il rappelle que le désaccord d’un agent avec les modalités de reprise proposées ne l’autorise pas à adopter un comportement fautif à l’égard de sa hiérarchie. Le temps partiel thérapeutique ne suspend pas les obligations statutaires de l’agent, notamment l’obligation d’obéissance hiérarchique et de respect dans les relations professionnelles.
D’autre part, et c’est le point le plus utile pour les employeurs publics, il confirme en creux que l’agent ne peut pas imposer unilatéralement les modalités de son temps partiel thérapeutique. Le médecin détermine l’aptitude, la quotité et les contraintes médicales. L’administration, elle, conserve la responsabilité d’organiser le service.
Cette distinction est essentielle.
Le certificat médical peut préconiser une reprise à 50 %. Il peut également préciser certaines contraintes liées à l’état de santé de l’agent. Mais la répartition des heures travaillées, les jours de présence, l’articulation avec les cycles de travail, les congés et les besoins de continuité du service relèvent de l’autorité territoriale, sous le contrôle du juge administratif.
À ce jour, il ne semble pas exister de décision de principe du Conseil d’État affirmant expressément qu’un agent placé à temps partiel thérapeutique ne peut choisir seul ses horaires. En revanche, la jurisprudence du Conseil d’État confirme que le temps partiel thérapeutique s’inscrit dans une logique de reprise encadrée par l’administration. Dans une décision du 3 février 2026, le Conseil d’État a notamment examiné la situation d’une agente devant être réintégrée à temps partiel thérapeutique à 50 % sur un poste assigné par la collectivité, ce qui confirme que la reprise s’organise dans un cadre administratif déterminé par l’employeur public.
Le jugement du Tribunal administratif de Clermont-Ferrand s’inscrit donc dans une ligne cohérente : le temps partiel thérapeutique est un aménagement médical de la durée du travail, et non un droit pour l’agent de choisir librement son organisation de service.
Pour les collectivités territoriales et établissements publics, cette décision invite à sécuriser la gestion des reprises à temps partiel thérapeutique. Il est recommandé de formaliser les échanges avec l’agent, de tenir compte des prescriptions médicales, d’associer le médecin de prévention lorsque cela est utile, puis de fixer clairement les modalités de présence retenues au regard des contraintes du service.
L’administration doit rechercher une solution équilibrée. Elle ne peut ignorer l’état de santé de l’agent. Mais elle n’est pas tenue d’accepter l’organisation souhaitée par celui-ci si cette organisation désorganise le service ou ne répond pas à ses nécessités.
Conclusion
Le temps partiel thérapeutique ouvre droit à une reprise ou à un maintien dans l’emploi selon une quotité médicalement justifiée. Il ne donne pas à l’agent le pouvoir de choisir seul ses horaires ou ses jours de présence. Le jugement du TA de Clermont-Ferrand du 21 mai 2026 rappelle utilement que ce dispositif doit s’articuler avec l’intérêt du service, et que le refus d’un agent de respecter l’organisation arrêtée par sa hiérarchie peut, selon les circonstances, justifier une sanction disciplinaire.
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